कोटिरुद्र संहिता एक ही भक्ति-परियोजना के इर्द-गिर्द निर्मित है: द्वादश ज्योतिर्लिंगों में से प्रत्येक की उत्पत्ति-कथा, शिव के स्वयं-प्रकट प्रकाश-स्तम्भों की, एक-एक करके सुनाना — सोमनाथ द्वारा चन्द्रमा को शाप से मुक्ति, मल्लिकार्जुन, महाकाल द्वारा भक्त-बालक श्रीकर की रक्षा, विन्ध्य पर्वत के तप से ओंकारेश्वर का उदय, नर-नारायण एवं पाण्डवों के माध्यम से केदारेश्वर, दैत्य भीम के विनाश में भीमेश्वर का उद्गम, काशी विश्वेश्वर तथा उस नगरी में रुद्र का आगमन, त्र्यम्बकेश्वर, रावण-कथा से जुड़े वैद्यनाथेश्वर, दारुकावन के राक्षसों से उत्पन्न नागेश्वर, स्वयं राम द्वारा प्रतिष्ठित रामेश्वर, तथा अंततः घुष्मेश जो इस समुच्चय को पूर्ण करते हैं। इस क्रम के मध्य एवं पश्चात् बुना गया है: विष्णु को शिव की अपनी पूजा से सुदर्शन चक्र प्राप्त होने की कथा, शिव के सम्पूर्ण सहस्र नाम (शिव सहस्रनाम) उनके पाठ के फलों सहित, शिवरात्रि व्रत की सम्पूर्ण विधि एवं महिमा — जिसमें उस प्रिय कथा का समावेश है जिसमें एक शिकारी अनजाने में एक रात्रि की जागरूकता से व्रत का पालन कर मुक्त हो गया — तथा समापन अध्याय जो सगुण शिव को निर्गुण शिव से पृथक् करते हुए मोक्ष एवं ज्ञान के विषय में प्रवचन के साथ समाप्त होते हैं।
1ज्योतिर्लिङ्ग और उपलिङ्गों की महिमा45 श्लोक2शिवलिङ्गों की महिमा31 श्लोक3अनसूया और अत्रि की तपस्या39 श्लोक4अत्रीश्वर की महिमा61 श्लोक5नन्दिकेश्वर की महिमा में ब्राह्मणी के मरण का वर्णन39 श्लोक6नन्दिकेश्वर लिंग की महिमा में ब्राह्मणी की स्वर्ग-प्राप्ति का वर्णन66 श्लोक7नन्दिकेश्वर शिवलिंग की महिमा35 श्लोक8महाबल की महिमा28 श्लोक9चाण्डाली की सद्गति39 श्लोक10महाबल शिवलिंग की महिमा51 श्लोक11चन्द्रभाल एवं पशुपतिनाथ लिंग की महिमा21 श्लोक12लिंग-स्वरूप के कारण का वर्णन54 श्लोक13बटुक की उत्पत्ति77 श्लोक14सोमनाथ ज्योतिर्लिंग की उत्पत्ति62 श्लोक15मल्लिकार्जुन नामक द्वितीय ज्योतिर्लिंग23 श्लोक16महाकाल ज्योतिर्लिंग की महिमा (भाग १)52 श्लोक17महाकाल ज्योतिर्लिंग की महिमा, भाग दो78 श्लोक18ओंकारेश्वर ज्योतिर्लिंग की महिमा27 श्लोक19केदारेश्वर ज्योतिर्लिंग की महिमा26 श्लोक20भीमासुर-कृत उपद्रव का वर्णन67 श्लोक21भीमेश्वर ज्योतिर्लिंग की उत्पत्ति और उसकी महिमा54 श्लोक22काशी में रुद्र का आगमन40 श्लोक23काशी विश्वेश्वर ज्योतिर्लिंग की महिमा57 श्लोक24गौतम मुनि का प्रभाव33 श्लोक25गौतम की प्रायश्चित्त-व्यवस्था का वर्णन58 श्लोक26त्र्यम्बकेश्वर की महिमा का वर्णन57 श्लोक27त्र्यम्बकेश्वर ज्योतिर्लिंग की महिमा का वर्णन50 श्लोक28वैद्यनाथेश्वर ज्योतिर्लिंग की महिमा का वर्णन76 श्लोक29दारुकावन के राक्षसों के उपद्रव का वर्णन53 श्लोक30नागेश्वर ज्योतिर्लिंग की उत्पत्ति की महिमा का वर्णन44 श्लोक31रामेश्वर की महिमा का वर्णन45 श्लोक32सुदेहा और सुधर्मा के चरित्र का वर्णन52 श्लोक33घुश्मेश ज्योतिर्लिंग की उत्पत्ति56 श्लोक34विष्णु द्वारा सुदर्शन चक्र की प्राप्ति35 श्लोक35शिव सहस्रनाम134 श्लोक36शिव-सहस्रनाम-स्तोत्र का फल38 श्लोक37देवताओं, ऋषियों और राजाओं की शिव-भक्ति55 श्लोक38शिवरात्रि-व्रत की महिमा88 श्लोक39शिवरात्रि-व्रत का उद्यापन23 श्लोक40शिवरात्रि-व्रत की महिमा: व्याध की कथा102 श्लोक41मुक्ति का निरूपण27 श्लोक42सगुण-निर्गुण भेद-निरूपण32 श्लोक43ज्ञान का निरूपण59 श्लोक